Fermele ecologice se pot infiinta pentru foarte multe specii de animale.
Fermele ecologice pot fi de: bovine, cabaline, ovine, caprine, suine, iepuri, gaini, gaste, curci, rate, bibilici, struti, fazani, porumbei, prepelite, albine, pesti, melci, acvacultura, etc. Animalele care vor popula fermele ecologice trebuie sa aiba urmatoarele caracteristici morfologice: sa fie rase autohtone cu buna rezistenta la factorii locali de mediu; sa aibe constitutie robusta; sa aibe indicii foarte buni de reproductie, fecunditate si prolificitate; noi nascuti sa fie viabili si sa aibe vitalitate; sa poata asimila o furajarea variata; sa nu fie exigente fata de furajele proteice de origine animala; sa raspunda corespunzator la conditiile extensive sau cel mult semiintensive de crestere. Nu sunt agreate in agricultura ecologica rasele intensive sau cele superspecializate.
Animalele din fermele ecologice trebuie sa fie rezistente la factorii naturali: legarea animalelor de pamant; accesul liber in exterior si la pasune; administrarea de furaje verzi; densitatea animalelor; ritmul de crestere; furajarea extensiva. Animalele de asemennea trebuie sa fie rezistente la factorii artificiali de mediu: stand; tipul de legare; mulsul mecanic; zgomote. Ca si sistem de reproductie se recomanda: reproductia dirijata, insamantarile artificiale, incubatia naturala la closca, cat si incubatia artificiala. In fermele ecologice se va tine cont de tipul si nivelul de productie precum si de comportamentul animalelor. Pot fi afluite in ferma ecologica: pui de carne de 3 zile; puicute pentru ouat de 8 saptamani; vitei si manji de 6 luni; miei si iezi de 45 de zile; purcei sub 25 kg.