Exploatarea animalelor intr-o ferma organica trebuie sa indeplineasca cateva principii.
Dintre acestea trei principii sunt mai importante: sistem de intretinere care sa respecte cele mai bune standarde; alimentatie care sa tina cont de fiziologie, utilizand cu preponderenta furaje produse in ferma; sanatatea sa fie mentinuta printr-un program de preventie (întreţinere, exploatare, furajare) iar medicatia sa fie aplicata cat mai putin posibil. Cel mai important lucru este realizarea unor conditii de viata cat mai bune pentru animale iar conditiile de intretinere si furajarea trebuie sa puna in evidenta potentialul productiv "natural" al animalelor, nefiind permis "fortarea" acestuia. Lipsa stresului in cazul respectarii conditiilor mai sus mentionate asigura sanatatea si vitalitatea animalelor. Nerespectarea acestor conditii, precum si intretinerea legata a animalelor, fara a se asigura suprafata necesara a standului, sunt interzise in fermele organice.
Furajarea animalelor trebuie sa tina cont de fiziologie, fiind contraindicata folosirea unor cantitati mari de nutreturi combinate la rumegatoare. Intr-o ferma organica se urmareste ca nutreturile administrate sa nu depaseasca capacitatea de ingestie a animalului si de asemenea, trebuie ca furajele administrate rumegatoarelor sa fie produse in ferma. Desi este dificil de realizat, utilizarea medicamentelor va trebui evitata, lucru extrem de important pentru o fermă organica. De foarte multe ori in fermele cu sisteme intensive de exploatare sunt necesare tratamente cu antihelmintice, antibiotice, vaccinuri, microelemente, aditivi furajeri etc. Acestea pot ajuta animalul sa faca fata unor eventuale boli provocate de sistemul de exploatare sau de conditiile necorespunzatoare de microclimat. In fermele organice, riscul de imbolnavire trebuie redus punandu-se accent pe imbunatatirea conditiilor de crestere a animalelor si nu pe reducerea fortei de munca din ferma.